Antik diller öğretmeni Raimund Gregorius lisede ders sırasında ansızın sınıftan çıkar, duyduğu Portekizce bir kelimenin büyüsüne kapılarak yaşadığı şehri, düzenli hayatını terk edip hakkında hiçbir şey bilmediği gizemli bir Portekizlinin, doktor ve yazar Amadeu Pradonun izini sürmek üzere Lizbona doğru trenle yola çıkar.
Tesadüfen eline geçen ve Pradonun, hayat, aşk, yalnızlık, arkadaşlık, ölümlülük ve ölümle ilgili notlarının bulunduğu kitabın etkisinden çıkamayan Gregorius, dilini bilmediği, ilk kez gittiği bu yabancı ülkede ve bu olağanüstü yolculuğu sırasında Pradonun hayatının değişik evrelerinde yer almış insanlarla bir araya gelip onun farklı söylencelerle dokunmuş hikâyesinin derinlerine iner. Bir yandan da kendi içsel yolculuğunu sürdüren Gregorius, Diktatör Salazara karşı savaşmış Amadeu Pradonun kişiliğinde kendine ve insana ilişkin pek çok sorunun yanıtını ararken, bir başkası olmanın dayanılmaz çekiciliğine de karşı koyamayacaktır. Lizbona Gece Treni, sadece Avrupadan değil, kendi zihnimizden ve ruhumuzdan da geçen ve dönüşü belli olmayan bir yolculuğun çok sesli, unutulmaz romanı.